Có mặt tại cảng Việt Trì vào tháng 6/2023, VietnamFinance ghi nhận trong vị trí khu đất của cảng vẫn duy trì các hợp đồng là cho thuê kho, bãi để lưu giữ hàng hoá. Nhiều doanh nghiệp đã lắp đặt máy móc sản xuất trên diện tích thuê lại của Cảng Việt Trì. Việc cho thuê tài sản gắn liền với đất được nhà nước cho thuê thu tiền hàng năm của Cảng Việt Trì là không đúng quy định tại khoản 4, Điều 12 và Điều 175 Luật Đất đai 2013.
Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Phú Thọ đã từng yêu cầu Cảng Việt Trì hủy toàn bộ các hợp đồng cho thuê lại đất đối với các doanh nghiệp để sử dụng làm bãi chứa hàng hóa, xây dựng kho, xây dựng văn phòng làm việc, xây dựng dây chuyền nghiền tuyển quặng vì không đúng quy định của pháp luật xong trước 10/12/2015 và hoàn trả lại mặt bằng xong trước 31/12/2015; nhưng đơn vị này không chấp hành và vẫn duy trì tới nay.
Ngày 02/3/2023, TTCP cũng ban hành thông báo kết luận thanh tra việc chấp hành pháp luật trong CPH, thoái vốn tại VIVASO, nay là VIVASO – CTCP. Đối với việc kiểm kê cảng Việt Trì, TTCP cho hay Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt dự án phát triển giao thông vận tải khu vực đồng bằng Bắc Bộ nhưng không có phương án bồi thường giải phóng mặt bằng, phương án khai thác sử dụng của dự án.
Bên cạnh đó, Công ty hợp danh Kiểm toán Việt Nam, Tổng công ty Vận tải thủy thực hiện kiểm kê, phân loại tài sản thiếu danh mục cảng Việt Trì (nằm trong dự án WB6) và chưa xử lý dứt điểm tài sản đối với quyền sử dụng đất.
Đáng chú ý, cơ quan thanh tra cho rằng không thể đồng thời thực hiện cổ phần hóa VIVASO và Công ty TNHH MTV Vận tải và Xếp dỡ đường thủy nội địa với việc đầu tư nâng cấp cảng Việt Trì bằng nguồn vốn WB6. Ban chỉ đạo cổ phần hóa, Bộ Giao thông Vận tải trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án cổ phần hóa nhưng "thiếu trách nhiệm không phát hiện hoặc cố tình không báo cáo Thủ tướng" về việc trên, kết luận nêu.
TTCP còn phát hiện Tổng công ty Vận tải thủy - CTCP khi chưa được cấp có thẩm quyền cho phép đã tự ý khai thác, sử dụng một phần cảng Việt Trì, trong giai đoạn 2015-2020. Việc này bị cho là vi phạm Luật Xây dựng "cần phải được cơ quan chức năng xem xét, xử lý, thu về ngân sách nhà nước khoản lợi nhuận thu được".
Những việc nêu trên đã dẫn đến hậu quả là phương án cổ phần hóa của VIVASO thiếu chính xác, tài sản cảng Việt Trì đã hoàn thành từ năm 2015 nhưng đến nay chưa được bàn giao đưa vào khai thác, sử dụng theo quy định, tính cả với cảng Ninh Phúc thì nguy cơ lãng phí vốn đầu tư với số tiền gần 135 tỷ đồng khi không đưa vào sử dụng.
TTCP đã kiến nghị Bộ Công an, Viện kiểm sát nhân dân tối cao tiếp nhận hồ sơ hai vụ việc sai phạm đã được kết luận liên quan gây lãng phí và thất thoát số tiền lớn để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật. Thứ nhất, TTCP chuyển nội dung cổ phần hóa đối với các tài sản hình thành từ việc sử dụng nguồn vốn WB6 (cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc) với tổng giá trị đầu tư gần 135 tỷ đồng. Thứ hai, việc xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa, thoái vốn sai mất vốn nhà nước tại cảng Hà Nội cũng do Vivaso quản lý, với số tiền trên 16 tỷ đồng.
Để xảy ra tồn tại và hậu quả nêu trên, theo thanh tra, thuộc trách nhiệm của Ban quản lý dự án, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải khi thực hiện đầu tư xây dựng không có phương án bồi thường giải phóng mặt bằng, phương án khai thác sử dụng của dự án.
Không chỉ để xảy ra sai phạm trong lĩnh vực đất đai, về lĩnh vực môi trường, Cảng Việt Trì còn thực hiện không đúng, không đầy đủ nội dung quan trắc, giám sát môi trường theo quy định; rác thải, nước thải, gây ô nhiễm nặng môi trường cho người dân sinh sống tại khu vực cảng.