Căn cứ chỉ đạo định hướng của Ban chỉ đạo Trung ương về tổng kết thực hiện Nghị quyết 18 và quy định của dự thảo nghị định quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, thành phố và UBND huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố của Chính phủ, Ban cán sự đảng UBND thành phố đề xuất sẽ thực hiện, kiện toàn sắp xếp tổ chức bộ máy đối với 13 sở theo phương án đã đề xuất tại báo cáo số 690-BC/TU của Thành ủy và thống nhất theo dự thảo nghị định của Chính phủ gồm: Sở Nội vụ; Sở Tư pháp; Sở Tài chính ; Sở Công Thương; Sở Nông nghiệp và Môi trường; Sở Khoa học và Công nghệ; Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch; Sở Giáo dục và Đào tạo; Sở Y tế; Thanh tra Thành phố; Văn phòng UBND thành phố; Sở Dân tộc và Tôn giáo; Sở Du lịch.
Theo phương án đề xuất mới nhất, sẽ điều chỉnh phương án sắp xếp đối với 3 sở: Sở Xây dựng, Sở Giao thông Vận tải và Sở Quy hoạch - Kiến trúc. Theo đó, Ban cán sự đảng UBND thành phố Hà Nội dự kiến sẽ thực hiện đúng định hướng của Ban Chỉ đạo Chính phủ, hợp nhất Sở Giao thông Vận tải và Sở Xây dựng, sau sắp xếp lấy tên gọi sở mới là Sở Xây dựng; Sở Quy hoạch - Kiến trúc giữ nguyên mô hình như hiện nay.
Đối với các phòng chuyên môn thuộc UBND quận, huyện, thị xã, Ban cán sự đảng UBND thành phố cho biết, sẽ thực hiện, kiện toàn sắp xếp tổ chức bộ máy đối với 9 phòng và cơ quan chuyên môn thuộc UBND quận, huyện, thị xã theo phương án đã đề xuất tại báo cáo số 690-BC/TU của Thành ủy và thống nhất theo dự thảo nghị định của Chính phủ, gồm: Văn phòng HĐND và UBND cấp huyện; Thanh tra quận, huyện, thị xã; Phòng Tư pháp; Phòng Văn hóa, Khoa học và Thông tin; Phòng Tài chính - Kế hoạch; Phòng Nông nghiệp và Môi trường (ở các quận là Phòng Tài nguyên và Môi trường); Phòng Nội vụ; Phòng Y tế; Phòng Giáo dục và Đào tạo.
Theo phương án sẽ điều chỉnh phương án đối với Phòng Công thương và Phòng Quản lý đô thị. Cụ thể, thực hiện hợp nhất Phòng Công Thương (phòng Kinh tế cũ sau khi chuyển một số chức năng về phòng Tài nguyên và Môi trường ở khối quận và phòng Nông nghiệp và Môi trường ở khối huyện theo phương án tại báo cáo số 690-BC/TU của Thành ủy) và Phòng Quản lý đô thị thành phòng Kinh tế, Hạ tầng và Đô thị theo đúng định hướng của Ban Chỉ đạo Chính phủ.
Trước đó, vào đầu tháng 1/2025, UBND TP Hà Nội đề xuất giữ nguyên Sở Giao thông Vận tải, đồng thời sẽ căn cứ vào việc tổng kết Nghị quyết 18 và quyết định của các cấp có thẩm quyền để thực hiện rà soát, sắp xếp Sở Xây dựng, Sở Quy hoạch - Kiến trúc.