Theo khảo sát của VCCI, một số doanh nghiệp như nông sản chưa chế biến, giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, máy nông nghiệp, tàu cá, thức ăn chăn nuôi, muối, phần mềm máy tính, và một số loại máy móc, thiết bị, vật tư khác… chưa được khấu trừ thuế GTGT. Đồng thời, các doanh nghiệp này cũng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào trong quá trình sản xuất kinh doanh. Trong khi đó, các sản phẩm tương tự lại không phải chịu thuế GTGT khi nhập khẩu, nhưng lại được hoàn thuế GTGT khi xuất khẩu sang nước đối tác.
Trước thực trạng đó, VCCI đề nghị cơ quan soạn thảo tiếp tục rà soát để loại bỏ các mặt hàng thuộc đối tượng không chịu thuế theo một số nguyên tắc sau: Một là, đối với các loại hàng hoá, dịch vụ mà Việt Nam không nhập khẩu từ nước ngoài (hoàn toàn tự sản xuất, cung ứng và tiêu dùng trong nước) thì tiếp tục duy trì diện không chịu thuế. Hai là, đối với các loại hàng hoá, dịch vụ mà Việt Nam có nhập khẩu từ nước ngoài để tiêu dùng trong nước thì cần loại bỏ khỏi diện không chịu thuế mà chuyển sang các mức thuế suất phù hợp.
Từ đó, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam đã đề xuất 4 phương án về các mức thuế suất để tránh bảo hộ ngược.
Phương án 1: chuyển các mặt hàng không chịu thuế sang diện chịu thuế với các mức thuế suất 5%. Tuy nhiên, theo VCCI, với phương án này, những DN có tỷ trọng thuế GTGT chưa khấu trừ lớn hơn 5% chuyển về mức 5% giúp DN giảm được số thuế phải nộp lại bảo đảm công bằng thuế với hàng hoá nhập khẩu.
Mặt khác, những DN có tỷ trọng thuế GTGT chưa khấu trừ nhỏ hơn 5% chuyển về mức 5% sẽ khiến DN sẽ phải nộp thêm thuế.
Phương án 2: chuyển các mặt hàng không chịu thuế sang diện chịu thuế với các mức thuế suất 5% hoặc 0%. Theo đó, các mặt hàng có tỷ trọng thuế GTGT chưa được khấu trừ trên 5% thì chuyển về mức 5%, còn các mặt hàng có tỷ trọng thuế GTGT chưa được khấu trừ dưới 5% thì chuyển về mức 0%.
Tuy nhiên, phương án này sẽ khiến ngân sách nhà nước phải chi nhiều tiền để hoàn thuế cho các DN, dẫn đến nguy cơ gian lận thuế cao, chi phí quản lý thuế lớn.
Phương án 3: chuyển các mặt hàng không chịu thuế sang diện chịu thuế với các mức thuế suất khác nhau.
Việc lựa chọn mức thuế suất phù hợp để chuyển các mặt hàng này sang cần căn cứ vào chi phí thuế trung bình chưa được khấu trừ trong giá thành sản phẩm. Cụ thể, mức thuế suất mới luôn thấp hơn so với chi phí thuế trung bình. Ví dụ, đối với mặt hàng có chi phí thuế trung bình chưa được khấu trừ 6% thì nên chuyển sang diện thuế suất 5%; mặt hàng có chi phí thuế trung bình chưa được khấu trừ 4% thì có thể chuyển về mức 3%.
Theo VCCI, phương án này sẽ khiến các mặt hàng sản xuất trong nước và mặt hàng nhập khẩu chịu chung một mức thuế suất, xoá bỏ toàn bộ việc bảo hộ ngược. Nhưng phương án này có nhược điểm là sẽ phải đặt ra thêm các mức thuế suất mới, gây phức tạp cho hệ thống thuế.
Phương án 4: cho phép doanh nghiệp trong nước chọn phương pháp tính thuế
Theo phương án này, toàn bộ hàng hoá, dịch vụ tiêu dùng trong nước (không thuộc diện xuất khẩu) được phân loại vào hai nhóm với thuế suất 5% và 10%. Chuyển toàn bộ hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế sang diện thuế suất 5%; không còn diện hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế. Nhóm này được bổ sung vào diện cho phép lựa chọn phương pháp tính thuế khấu trừ hoặc phương pháp tính thuế trực tiếp (tại các Điều 10 và Điều 11 của Luật).
Nhóm hàng hoá, dịch vụ chịu thuế suất 10% vẫn tiếp tục thực hiện các quy định về thuế như hiện hành.
Phương án này sẽ không phát sinh các mức thuế mới mà chỉ có các mức 5% và 10%. Ngoài ra, VCCI cũng đề nghị cơ quan soạn thảo cân nhắc ưu tiên lựa chọn phương án 3 hoặc phương án 4.