Theo Bộ Tài chính, hiện nay mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT). Vì vậy, các doanh nghiệp phân bón không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, bao gồm cả hoạt động đầu tư, mua sắm tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất phân bón mà phải tính vào chi phí sản phẩm, khiến giá thành tăng và lợi nhuận giảm, bất lợi trong cạnh tranh với phân bón nhập khẩu và không chủ động nguồn vốn để đầu tư, mở rộng sản xuất.
Các doanh nghiệp và Hiệp hội Phân bón cùng Bộ Công Thương đã kiến nghị chuyển phân bón sang đối tượng chịu thuế GTGT thuế suất 5%. Cùng đó, Chính phủ đã rà soát hệ thống văn bản quy phạm pháp luật, trong đó đề xuất nội dung kiến nghị chuyển mặt hàng phân bón từ đối tượng không chịu thuế GTGT sang đối tượng chịu thuế GTGT thuế suất 5%.
Vẫn theo Bộ Tài chính, kinh nghiệm quốc tế cho thấy mặt hàng phân bón là mặt hàng phục vụ sản xuất nông nghiệp nên chính sách thuế GTGT (hoặc thuế hàng hóa dịch vụ, thuế bán hàng) của nhiều nước được thiết kế theo hướng ưu đãi hơn so với các mặt hàng thông thường khác. Chính phủ nhiều nước đã thông qua các chính sách và chương trình hỗ trợ trên các phương diện khác nhau nhằm tạo điều kiện thuận lợi và thúc đẩy phát triển ngành phân bón, trong đó chính sách hỗ trợ về thuế cũng là công cụ thường được các nước sử dụng...
Một số nước như Thái Lan, Lào, Myanmar, Philippines, Pakistan, Mỹ không thu thuế VAT mặt hàng này. Trong khi, các nước như Trung Quốc, Romania, Croatia, Ấn Độ thu thuế ở mức thấp.
Do đó, để vừa thúc đẩy ngành sản xuất phân bón trong nước cạnh tranh được với phân bón nhập khẩu vừa thực hiện mục tiêu thu hẹp đối tượng không chịu thuế GTGT, Bộ Tài chính trình Chính phủ quy định áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 5% đối với phân bón tại điểm b khoản 2 Điều 9 dự thảo Luật.
Nếu đề xuất tại dự thảo lần này được thông qua, người tiêu dùng mua phân bón sẽ chịu thêm khoản thuế VAT 5%. Tuy nhiên, Bộ Tài chính cho rằng giá bán của các mặt hàng này được định giá theo cung - cầu thị trường, việc tính thuế ngược lại có thể giúp người tiêu dùng hưởng lợi.
Theo Bộ Tài chính phân tích, hàng hóa, dịch vụ mua vào không chịu thuế hoặc thuế suất 5-10%, nếu tính VAT đầu ra là 5% thì doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước không phải nộp thuế này. Tức là, số thuế đầu vào được khấu trừ với đầu ra hoặc hoàn thuế. Do đó, giá thành sản xuất phân bón được giảm xuống, hàng hóa sản xuất trong nước có thêm điều kiện cạnh tranh với hàng hóa nhập khẩu.
Cơ quan soạn thảo cũng cho rằng do được khấu trừ VAT, doanh nghiệp tiết kiệm chi phí, có thêm nguồn lực mở rộng đầu tư, đổi mới công nghệ, nâng cao chất lượng và hạ giá bán. Theo đó, người tiêu dùng chọn hàng hóa trong nước sẽ hưởng lợi từ chính sách này.