Trước đó, ngày 27/10, Cơ quan An ninh điều tra Công an TP.HCM đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can và áp dụng các biện pháp ngăn chặn đối với Huỳnh Thế Năng về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí".
Cùng bị khởi tố với Huỳnh Thế Năng còn có Đinh Trường Chinh, nguyên giám đốc Công ty TNHH Thương mại - Quảng cáo - Xây dựng - Địa ốc Việt Hân (Công ty Việt Hân).
Kết quả điều tra và tài liệu, chứng cứ thu thập được cho thấy 2 bị can này đã có hành vi vi phạm pháp luật trong việc quản lý, sử dụng khu đất số 33 Nguyễn Du và 34, 36, 42 Chu Mạnh Trinh, phường Bến Nghé, Quận 1, TP.HCM, gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng cho Nhà nước.
Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ đầu năm 2021, khu đất trên là đất công được UBND TP.HCM giao cho Vinafood II (100% vốn nhà nước) năm 2015 để đầu tư dự án khách sạn, văn phòng, trung tâm thương mại, thời hạn giao đất 50 năm.
Tuy nhiên, do khả năng tài chính yếu kém, suốt nhiều năm, Tổng công ty Vinafood II vẫn không thể triển khai được dự án.
Sau khi được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, tháng 2/2015 Hội đồng thành viên Vinafood II thống nhất chủ trương cho phép liên kết với Công ty Việt Hân thành lập Công ty TNHH Thương mại Dịch vụ và Xây dựng Việt Hân Sài Gòn (Công ty Việt Hân Sài Gòn) để thực hiện dự án.
Trong đó Công ty Việt Hân góp 640 tỷ đồng vào Công ty Việt Hân Sài Gòn và nắm giữ 80% vốn, trong khi Vinafood II chỉ góp 20% vốn, tương đương với 160 tỷ đồng và bằng một phần giá trị quyền sử dụng đất. Thời điểm đó, đó tổng giá trị khu đất trên được 2 bên xác định chỉ là 730 tỷ đồng, Công ty Việt Hân Sài Gòn chuyển trả cho Vinafood II số tiền 570 tỷ đồng là khoản tiền giá trị khu đất còn lại sau khi góp vốn.
Trong khi đó, vào năm 2015, giá chuyển nhượng đất tại khu vực trên đang giao dịch ở mức từ 200 - 250 triệu đồng/m2. Thực tế cho thấy, tháng 12/2014 khi còn chưa nộp tiền sử dụng đất, Vinafood II đã thế chấp khu đất trên để vay ngân hàng số tiền 850 tỷ đồng và đã được giải ngân hơn 518 tỷ đồng.
Để chuyển nhượng toàn bộ khu đất trên vào tay tư nhân, ngày 22/10/2015 Vinafood II đã có Nghị quyết về chuyển chủ đầu tư và chuyển quyền sử dụng đất. Trong đó giá trị quyền sử dụng đất và giá trị tài sản trên đất của khu đất trên vẫn được Vinafood II xác định là 730 tỷ đồng.
Trong khi Vinafood II đang thực hiện thủ tục chuyển nhượng phần vốn góp, tháng 12/2015 Bộ NN&PTNT tiếp tục có văn bản yêu cầu Vinafood II phải thực hiện việc thoái vốn tại Công ty Việt Hân Sài Gòn theo đúng chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và của Bộ NN&PTNT. Việc thoái vốn phải đảm bảo chặt chẽ, không để thất thoát tài sản và phải gắn việc lành mạnh tài chính, tái cơ cấu doanh nghiệp có hiệu quả. Tuy nhiên Vinafood II đã không thực hiện chỉ đạo này.
Sau khi mua lại số cổ phần của Tổng công ty Vinafood II, ngày 30/1/2016, Công ty Việt Hân chuyển nhượng ngang giá 99% cổ phần cho Công ty Việt Hân Sài Gòn (792 tỷ đồng theo mệnh giá) của bà Hoàng Ngọc Cẩm Hồng.
Thanh tra Chính phủ chỉ ra, Công ty Việt Hân Sài Gòn đã sử dụng giấy chứng nhận quyền sử dụng khu đất trên lập nhiều hồ sơ vay bằng “dự án đầu tư khống” để thế chấp đảm bảo cho nhiều khoản vay vốn trực tiếp tại một số ngân hàng thương mại hoặc đảm bảo nghĩa vụ trả nợ cùng một lúc cho các pháp nhân khác thực hiện các dự án khác, để vay vốn và giải ngân trái pháp luật.
Tháng 9/2021, UBND TP.HCM có quyết định thu hồi khu đất trên.
Hiện vụ việc đang được công an điều tra, xử lý.